مایکل فرد فلپس در 30 ژوئن سال 1985 در بالتیمور، واقع در مریلند آمریکا متولد شد. مایکل دو خواهر بزرگتر از خودش نیز دارد که آن دو هم در رشته ورزشی شنا فعالیت میکنند. فرد، پدر مایکل، از سربازان دولت و یک پلیس و دِبی، مادرش، مدیر یک مدرسه راهنمایی بود. در سال 1994 و زمانی که مایکل هفت ساله بود، پدر و مادرش از هم جدا شدند و سرپرستی او و دو خواهرش به مادرش سپرده شد. مایکل رابطه خیلی خوب و صمیمی با مادرش دارد. ویتنی، یکی از خواهرانش، بعدها در مصاحبهاش گفته بود که «برای فرار از جنگ و دعواهای پدر و مادرم به استخر پناه میآوردیم.»