Éric Faye est un journaliste de l'agence de presse Reuters1 . Il publie sa première fiction, Le Général Solitude, une nouvelle, dans la revue Le Serpent à Plumes en 1992. Trois ans plus tard, il a développé cette nouvelle en un premier roman, éponyme. Ses premiers livres, parus tous deux en 1991, sont un essai sur Ismail Kadaré et un recueil d'entretiens avec cet écrivain. En 1998, son recueil de nouvelles fantastiques Je suis le gardien du phare obtient le Prix des Deux Magots.
Son œuvre se partage entre des nouvelles, le plus souvent à caractère absurde ou teintées de fantastique, des romans (dont le roman d'anticipation Croisière en mer des pluies, en 1999 - prix Unesco-Françoise-Gallimard), des essais et des récits, parmi lesquels Mes trains de nuit, puisés dans des voyages à travers l'Asie et l'Europe de 1982 à 2005. En 2010, il se rend avec l'écrivain Christian Garcin en Iakoutie, descend la Lena jusqu'à son embouchure dans l'océan Glacial Arctique. Ils en tirent un récit, "En descendant les fleuves - Carnets de l'Extrême-Orient russe".
Ses nouvelles, comme celles des recueils Un clown s'est échappé du cirque, portent un regard souvent ironique et très critique sur le monde du travail et le libéralisme économique.
Eric Faye a dirigé en outre un numéro sur Kafka (Autrement, 1996) et pris part à l'édition des œuvres d'Ismail Kadaré aux éditions Fayard.
Le 28 octobre 2010, il reçoit pour Nagasaki le Grand Prix du roman de l'Académie française. Ce roman est traduit dans une douzaine de langues dont le chinois, le coréen, le russe, l'espagnol ou l'italien.