ماجرای «مرشد و مارگریتا» دقیقا داستان زندگی خود نویسنده است. داستان به صلیب کشیدن مسیح در زمان پونس پیلات، فرمانروای رمی یهودا، آیینه تمام‌نمای دوران سیاه حکمرانی استالین و کشتارهای دسته جمعی مخالفان به ویژه هنرمندان، روشنفکران و دگراندیشان است. بولگاکف برای گریز از تیغ سانسور به این استعاره متوسل می‌شود. پای مسیح و پونس پیلات و کوردلان متعصب یهود را به میان می‌کشد. به میان کشیدن پای جادوگر سیاه و دستیارانش، یعنی شیطان و مریدانش، آمدنش به مسکو و به پاکردن آشوب‌های فراوانی که باعث کشتار، دستگیری و زندانی شدن افراد زیادی شد، در واقع نماد مکتب کمونیست است که هفتاد سال نیمی از دنیا را به خاک کشید. عشق میان مرشد و مارگریتا هم در زندگی نویسنده پدید آمد، عشق در فضای رعب و وحشت با همه تلخکامی‌ها و شکنجه‌هایش.
